Die wichtigsten Organe des VDLUFA sind die Mitgliederversammlung, der Vorstand, der Beirat, die Direktorenkonferenz und die Fachgruppen.
Die Mitgliederversammlung tritt in der Regel einmal jährlich zusammen. In ihr hat jedes persönliche Mitglied Stimmrecht. Sie entscheidet über alle Angelegenheiten des VDLUFA, die nicht satzungsgemäß oder durch besondere Beschlüsse vom Vorstand zu erledigen sind. Sie nimmt insbesondere den Jahresbericht des Präsidenten entgegen, erteilt Entlastungen nach Entgegennahme des Tätigkeits- und Rechnungsberichtes, wählt den Präsidenten, die Vizepräsidenten sowie die Mitglieder des Schlichtungsausschusses und benennt die Rechnungsprüfer. Sie entscheidet über etwaige Vorschläge zur Änderung der Satzung und zur Auflösung des VDLUFA.
Dem Vorstand obliegt die Leitung des VDLUFA. Er besteht aus dem Präsidenten, zwei Vizepräsidenten und drei Fachgruppenvorsitzenden.
Der Beirat berät den Vorstand des VDLUFA in allen strategischen Fragen zur Erfüllung der Zwecke und zur Weiterentwicklung des VDLUFA. Er besteht aus mindestens 6 und höchstens 12 Mitgliedern. Diese vertreten Institutionen mit fachlichen Beziehungen zum VDLUFA, wie insbesondere Bundesministerien und Bundesbehörden, Landesanstalten für Landwirtschaft und Landwirtschaftskammern, berufsständische Organisationen, wissenschaftliche Gesellschaften bzw. deren Dachverbände und Verbraucherorganisationen.
Die Direktorenkonferenz berät den Vorstand des VDLUFA, sie fördert die Kooperation zwischen den LUFA und setzt sich für eine einheitliche Beratung der Länderministerien bezüglich des landwirtschaftlichen Untersuchungswesens, insbesondere auch hinsichtlich der Bewertung von Untersuchungsergebnissen ein. Mitglieder der Direktorenkonferenz sind die Leiter der Landwirtschaftlichen Untersuchungs- und Forschungsanstalten bzw. die Leiter von Organisationseinheiten mit Aufgaben einer landwirtschaftlichen Untersuchungs- und Forschungsanstalt innerhalb größerer Einrichtungen. Eine ausführliche Beschreibung der Rolle der Direktorenkonferenz können Sie der gemeinsamen Stellungnahme der LUFA-Direktoren und des VDLUFA-Vorstands entnehmen.
Zur Erfüllung seiner Aufgaben hat der VDLUFA – nach Arbeitsgebieten geordnet – Fachgruppen gebildet. Zur Bearbeitung spezieller Fragen werden in den Fachgruppen Arbeitskreise gebildet.
Jede Fachgruppe wird von einem Vorsitzenden geleitet:
